许可经营项目无效登记情形主要是： 1、从事法律、行政法规、国务院决定禁止企业经营的项目的； 2、属于许可经营项目，但是没有提交审批或者是不能提交审批机关的批准文件、证件的； 3、注册资本未达到法律、行政法规规定的从事该项目经营的最低注册资本数额的； 4、法律、行政法规、国务院规定特定行业的企业只能从事经过批准的项目而企业申请其他项目的； 5、法律、行政法规、国务院规定的其他情形的。
法律依据：《行政许可法》第三十九条规定，行政机关作出准予行政许可的决定，需要颁发行政许可证件的，应当向申请人颁发加盖本行政机关印章的下列行政许可证件： (一)许可证、执照或者其他许可证书； (二)资格证、资质证或者其他合格证书； (三)行政机关的批准文件或者证明文件； (四)法律、法规规定的其他行政许可证件。
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