企业改制股权确认纠纷的解决办法：当事人可以通过和解或者调解解决，调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁，或者当事人也可以通过诉讼的方式解决，诉讼解决的要注意诉讼时效的问题。
法律依据：《民法总则》第188条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。（《民法总则》将于2020年12月31号失效）。 根据《民法典》第一百八十八条规定：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。（《民法典》生效时间为2021年1月1日）。
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