保证工程项目间合同合法性的方式是： 1、保证合同主体合法，即合同双方均具有相应的民事行为能力； 2、保证合同内容合法，即合同内容为双方当事人的真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定与公序良俗。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第五百零二条 依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。 依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。 依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。
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