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（一）全国统一的补充养老保险概念尚不明确。主要是对补充养老保险的外延未予明确，国家级文件采用过“企业补充养老保险”、“企业年金”以及“商业养老保险”等概念。
部委间对补充养老保险的理解也存在差异，劳动保障部门自2000年以来一直将“企业年金”作为企业补充养老保险的唯一形式；保监会则一直强调企业年金、团体商业养老保险及新试点的个人补充养老保险产品均是补充养老保险体系的有机组成；财政部认为只有企业为全员购买的保险属于补充养老保险范畴，认识上的差异不利于补充养老保险经办机构开展业务。
（二）我国现行补充养老保险过多强调企业的作用，忽视了个人投保补充养老保险的必要性和积极性。目前，我国补充养老保险主要以企业为投保人，有限的扶持政策也仅限于对参保企业的支持，导致企业及其职工负担基本养老保险的费率占工资总额的比重较高（现行制度规定为28%），同时企业及其职工还需负担医疗、工伤、失业和住房公积金等其他社会保障缴费，企业整体福利负担较重。加之我国劳动力市场长期处于供过于求情况，企业自身积极参与补充养老保险的主观愿望不强，补充养老保险发展缓慢。
从国外成熟补充养老保险市场发展看，个人直接投保补充养老保险已逐渐成为主流，如美国40%左右的家庭参与了个人退休计划（IRAs），这类业务近几年一直呈快速增长态势。
（三）我国补充养老保险政策扶持力度小、体系不够完善。
一是基本养老保险替代率偏高。理论界和国际实践比较认可的基本养老保险、企业补充养老保险和个人养老保险退休收入替代率比例为40%、30%、10%。而我国社会养老保险改革确定的替代率为基本养老保险约60%、企业补充养老保险20%，个人养老保险暂无标准。现行基本养老保险的替代率水平偏高，挤占了一定的补充养老保险市场。
二是现行补充养老保险政策效率与公平性不足。国外补充养老保险市场成熟的国家一般都根据参保人员的工资收入、年龄、婚姻状况等个性因素设定若干不同税前扣除限额，有效兼顾了政策的公平与效率。而我国目前仅采取单一固定比例扣除方式，且企业税前列支比例偏低，激励性和公平性不足。
三是优惠政策相关环节衔接不力。一方面现行税制规定企业购买补充养老保险的支出视同职工个人收入征收个人所得税，这种税收转嫁使得前述企业所得税的优惠打折，也与缴费阶段免征个人所得税的国际通行惯例相悖；另一方面关于领取企业年金及团体商业养老保险是否征收个人所得税，目前我国税制未予明确规定，使得该类业务的长期发展存有不确定性因素，不利于各类补充养老保险产品设计。
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