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人事争议仲裁与申诉控告属于不同性质的解决人事争议的方式。其差异是：
（1）性质不同。人事争议仲裁是相对独立于行政机关的仲裁机构居中处理人事争议，具有准司法性；而申诉控告则是一种行政内部行政行为；
（2）对象不同。申诉控告人只能是国家公务员个人，而人事争议仲裁的申请人可以是机关、事业单位中的个人，也可以是单位。
（3）适用法律规范不同。申诉控告主要适用人事部《国家公务员申诉控告暂行规定》，人事争议仲裁则适用人事部《人事争议处理暂行规定》和我州《人事争议办案规则》等规范性文件。
（4）适用原则不同。人事争议仲裁适用调解原则，实行“谁主张、谁举证”原则，而申诉控告不适用调解原则，行政机关负举证责任。
（5）受理机构不同。公务员申诉控告的受理机构是有关的行政机关，而人事争议仲裁的受理机构是人事争议仲裁委员会。
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