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良好的内部控制虽然可以为管理人员达到内部控制的目标提供合理的保证，但无论内部控制的设计和运行多么完善，都无法消除其本身所固有的局限。
1.受成本效益原则的局限。管理层一般要求，实施内控手段的成本不高于相应的预期收益，增加控制环节不能过于降低办事效率，否则管理层就可能会放弃这项内部控制。
2.职员犯主观或客观的错误。工作人员因粗心、精力不集中、身体欠佳、误解指令、疏忽大意、错误判断，或相互勾结、内外串通舞弊等，都可能会导致内部控制失灵。这种人为错误是内部控制制度无能为力的。
3.管理人员滥用职权或不能正确使用权力。管理人员无视内部控制制度逾越控制，或不能正确使用权力，会导致内部控制制度形同虚设。
4.忽视非常规业务。大多数内控制度是对常规业务的控制，只适于正常且经常反复出现的业务事项，忽视了非常规业务，而不能对例外事项(包括意外事故)进行控制。
5.高级职员的舞弊行为。通常在企业中，达到足够高的管理层面之后，没有更高级别的管理层进行监督。除了审计师，这一层次管理者的决策没有任何形式的监管。因此，在实践中，高级职员的舞弊行为经常不被察觉。
6.会引起批评或检讨的信息在自下而上传递的过程中容易被中断。这是在管理层次中的信息沟通问题。问题出在需要自下而上传递信息的环节。当向上传递的信息将引起批评或检讨时，就容易在上传过程中被中断。因此，高层管理者将无从获知这些已存在的并且可能产生重大影响的信息。
7.雇员身兼数职。企业中往往存在少数雇员身兼数职的情况，这导致内控制度难以落到实处。
8.情况变化。原来制定的内部控制过时失去效果，无法控制其错误或弊端的发生。
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